Σε παγκόσμια βάση, η Εκκλησία της Σαηεντολογίας είναι δομημένη σε διαφορετικές Εκκλησίες, με διάφορα ονόματα σύμφωνα με την ιδιότητα και το μέγεθός τους.
Στο χαμηλότερο επίπεδο βρίσκονται ομάδες και μίσιον της Σαηεντολογίας και Διανοητικής. Είναι μικρές κοινότητες Σαηεντολόγων, καθοδηγούμενες από έναν ή περισσότερους χειροτονημένους λειτουργούς, οι οποίοι πραγματοποιούν βασικές λειτουργίες πνευματικής συμβούλευσης, θρησκευτικές τελετές και οι οποίοι συγκεντρώνονται για να μελετήσουν τις Γραφές της Σαηεντολογίας, αλλά στο χαμηλότερο επίπεδο. Δεν μπορούν να χειροτονήσουν ή να προετοιμάσουν λειτουργούς, ούτε να εκτελέσουν τις θρησκευτικές υπηρεσίες ώντιτινγκ στα επίπεδα του ΟΤ (Λειτουργικού Θήταν).
Στο επόμενο επίπεδο υπάρχουν οι Εκκλησίες της Σαηεντολογίας. Αυτές μπορούν να προετοιμάζουν και να χειροτονούν λειτουργούς και να εκτελούν το ώντιτινγκ έως το επίπεδο του Κλήαρ.
Πάνω από το προαναφερθέν επίπεδο είναι οι ανώτερες Εκκλησίες. Αυτές εκπαιδεύουν τους λειτουργούς στο υψηλότερο επίπεδο και εκτελούν τα καθήκοντα πνευματικής συμβούλευσης σε μερικά από τα επίπεδα του Λειτουργικού Θήταν.
Ο Οργανισμός Υπηρεσιών του Φλαγκ της Εκκλησίας της Σαηεντολογίας, στο Κληαργουότερ της Φλόριντα, είναι ο ανώτερος απ’ όλους τους Οργανισμούς. Εκπαιδεύει ανθρώπους στα υψηλά ιερατικά επίπεδα και οι Σαηεντολόγοι πηγαίνουν εκεί για να ανέβουν στα υψηλότερα επίπεδα του ΟΤ (Λειτουργικού Θήταν).
Μια ειδική περίπτωση είναι η Εκκλησία της Σαηεντολογίας που έχει ως βάση το Freewinds, ένα πλοίο που βρίσκεται στα νησιά της Καραϊβικής, το οποίο παραδίδει ένα συγκεκριμένο επίπεδο ΟΤ (Λειτουργικού Θήταν) το οποίο δεν μπορεί να παραδοθεί σε καμία άλλη Εκκλησία.
Αυτός ο τύπος δομής των θρησκευτικών υπηρεσιών είναι κοινός στην πράξη σε όλες τις γνωστές θρησκείες με τον ίδιο τρόπο που τα διαφορετικά επίπεδα προετοιμασίας του κλήρου δεν είναι προσβάσιμα σε όλα τα κέντρα αλλά μόνο στα κεντρικά ιδρύματα (Ρώμη, Θιβέτ, Τελ Αβίβ, Μέκκα). Εκεί είναι όπου οι ιεραπόστολοι, οι μοναχοί ή οι ιερείς μπορούν να λάβουν τη χειροτονία του υψηλότερου επιπέδου.
Όσον αφορά τη θρησκευτική κοινότητα της Σαηεντολογίας, αποτελούν μια πραγματική κοινότητα λειτουργών και θρησκευόμενων, που ζουν σε κοινότητα, με πλήρη αφοσίωση προς τους σκοπούς της Εκκλησίας και εγκατάλειψη των υλικών διακοπών και της ματαιοδοξίας.
Η Θαλάσσια Οργάνωση, που ονομάστηκε έτσι από το αρχικό πλήρωμα που επάνδρωσε τα πλοία που διοικούνταν από τον ιδρυτή της τον πρώτο καιρό, έχει
Φυσικά, η εκπαίδευση των λειτουργών των υψηλότερων επιπέδων, το ώντιτινγκ στο υψηλότερο επίπεδο του Λειτουργικού Θήταν, η διοίκηση στα υψηλότερα επίπεδα του Οργανισμού και η υπευθυνότητα για το επίπεδο ηθικής της Σαηεντολογίας σε διεθνές επίπεδο βρίσκεται μόνο στα χέρια των μελών του θρησκευτικού τάγματος που ονομάζεται Θαλάσσια Οργάνωση και τα οποία μέλη είναι αφοσιωμένα αποκλειστικά στην εργασία αυτή.
