Παρόλο που η ανοχή σήμερα δεν αποτελεί σπάνιο κήρυγμα από τις χριστιανικές αρχές, είναι σημαντικό να θυμόμαστε ότι η παράδοση του Χριστιανισμού χαρακτηρίζεται από έλλειψη ανοχής. Σε αντίθεση με τις περισσότερες σύγχρονες θρησκείες, ο Χριστιανισμός, από την εποχή του Παύλου, ήταν μια κλειστή θρησκεία που απαγόρευε στους πιστούς της να λατρεύουν άλλους θεούς ή να συμμετέχουν σε διαφορετικές πρακτικές. Επίσης, ήταν μια οικουμενική θρησκεία, που διακήρυσσε ότι ήταν η μόνη αληθινή θρησκεία για όλη την ανθρωπότητα. Παρά το γεγονός ότι ο Ιουδαϊσμός ήταν κι αυτός κλειστή θρησκεία, δεν ήταν οικουμενική· δεν επρόκειτο για μια θρησκευτική επιλογή που να απευθύνεται συνήθως σε όσους δεν ανήκαν στο έθνος των εβραίων. Ο Χριστιανισμός, αντιθέτως, δίδασκε ότι ήταν η μόνη έγκυρη θρησκεία για οποιονδήποτε. Ήταν μια ανοικτή θρησκεία την οποία οι άνθρωποι ήταν ελεύθεροι να επιλέγουν και θα έπρεπε να επιλέγουν. Έτσι, ο Χριστιανισμός ήταν επίσης θρησκεία που προσηλύτιζε, επιδιώκοντας να πείσει τους ανθρώπους ότι όλες οι άλλες θρησκείες ήταν κακές και καταδικάζοντάς τες ως τέτοιες.
Επί αιώνες, η χριστιανική Εκκλησία είχε ως κύρια αποστολή τη μεταστροφή των ειδωλολατρών, μεταξύ των οποίων περιλαμβάνονταν και εκείνοι που ακολουθούσαν όλες τις άλλες θρησκείες. Ενώ οι ειδωλολάτρες επρόκειτο να μεταστραφούν, εκείνοι που γνώριζαν την «αληθινή πίστη», αλλά, με τον έναν ή τον άλλο τρόπο, αμφισβητούσαν τις διδαχές της Εκκλησίας όχι μόνο αφορίζονταν, αλλά και εξοντώνονταν (η επίσημη απαίτηση του Αγίου Θωμά του Ακινάτη).
Η χριστιανική έλλειψη ανοχής προς όλες τις άλλες θρησκείες αμβλύνθηκε μόνο κατά τη Μεταρρύθμιση, και τότε μόνο σταδιακά. Οι πρώτες εκδηλώσεις της ανοχής στην κεντρική Ευρώπη ίσχυαν αρχικά μόνο για πρίγκιπες, των οποίων οι υπήκοοι έπρεπε να υιοθετήσουν την πίστη, καθολική ή λουθηρανική, του ηγέτη τους σύμφωνα με τον κανόνα που υιοθετήθηκε στην Ειρήνη του Άουγκσμπουργκ το 1555, του cuius regio, eius religio (στη χώρα του ηγεμόνα, η θρησκεία του ηγεμόνα). Στις διάφορες περιοχές, οι οποίες είχαν επηρεαστεί από την Καλβινιστική Μεταρρυθμισμένη Εκκλησία, η θρησκευτική ανοχή μετά είχε μερικές φορές επεκταθεί και στους καλβινιστές, αλλά οι σέκτες της ονομαζόμενης «ριζοσπαστικής» Μεταρρύθμισης –οι αναβαπτιστές και οι χουτερίτες– και, αργότερα, οι σοκινιανιστές και οι ουνιταριανοί συνέχιζαν να διώκονται, ενώ για τους αθεϊστές δεν υπήρχε καμία ανοχή, σύμφωνα με θεωρίες περί ανοχής οι οποίες προωθήθηκαν ακόμη και από φωτισμένους φιλοσόφους, όπως ο Τζον Λοκ.
Η καλύτερη εγγύηση για την καταπολέμηση του κοινωνικού διχασμού, σε μια τέτοια πλουραλιστική από άποψη θρησκείας κοινωνία, δεν ήταν να προσπαθούν να επιβάλλουν συμμόρφωση προς κάποια θρησκεία, αλλά την εγκαθίδρυση της ανεξιθρησκίας ως αρχή που υπερβαίνει τα δόγματα και τις πεποιθήσεις κάθε θρησκείας.
Τελικά, οι αρχές τις οποίες ενστερνίζεται η Μεταρρύθμιση για μια «ανοικτή Βίβλο» και για την «ιεροσύνη όλων των πιστών» οδήγησαν σε σταθερή φθορά της διάθεσης μισαλλοδοξίας που διακατείχε τον παραδοσιακό Χριστιανισμό. Οι αποκλίνουσες ομάδες απέκτησαν περιορισμένα δικαιώματα να λατρεύουν με τον τρόπο που προτιμούσαν. Στην Αγγλία αυτό ήταν πιο εμφανές με τη νομοθεσία του Γουλιέλμου και της Μαρίας, το 1689. Οι περιορισμοί παρέμειναν και χαλάρωσαν μόνο σταδιακά και τελικά υποχώρησαν στα επόμενα διακόσια χρόνια. Σταδιακά, οι τάξεις που κυβερνούσαν την Ευρώπη εγκατέλειψαν τη θεωρία ότι η κοινωνική συνοχή εξαρτάται κατά πολύ από τη διατήρηση της συμμόρφωσης προς την καθιερωμένη θρησκεία. Το μάθημα το συνειδητοποίησαν πιο εμφατικά στις Ηνωμένες Πολιτείες, όπου ένας πληθυσμός με διαφορετικά θρησκεύματα (στον οποίο υπήρξαν πολλοί πρόσφυγες λόγω θρησκευτικών διώξεων στην Ευρώπη) έπρεπε να ληφθεί υπόψη. Η καλύτερη εγγύηση για την καταπολέμηση του κοινωνικού διχασμού, σε μια τέτοια πλουραλιστική από άποψη θρησκείας κοινωνία, δεν ήταν να προσπαθούν να επιβάλλουν συμμόρφωση προς κάποια θρησκεία, αλλά στην εγκαθίδρυση της ανεξιθρησκίας ως αρχής που υπερβαίνει τα δόγματα και τις πεποιθήσεις κάθε θρησκείας. Σε αντίθεση με τις παλιές ευρωπαϊκές θεωρήσεις σχετικά με την ανάγκη για θρησκευτικό εξαναγκασμό, στις Ηνωμένες Πολιτείες αναγνωρίστηκε ότι η αρχή της ανοχής ήταν απαραίτητη για την κοινωνική συνοχή ενός πληθυσμού που ήδη ήταν διαφοροποιημένος από θρησκευτική άποψη. Έτσι, στα πλαίσια της Αμερικής, η ανοχή και η θρησκευτική ελευθερία εφαρμόστηκαν ως αρχές που ήταν πάνω από οποιοδήποτε συγκεκριμένο θρησκευτικό σύστημα. Η ίδια η δημιουργία ενός κοσμικού κράτους, στο οποίο οι ιθύνοντες δεν επρόκειτο να εγκαθιδρύσουν κάποια θρησκεία ούτε να δείξουν εύνοια για κάποια θρησκεία έναντι κάποιας άλλης, έγινε η πρώτη εγγύηση για τα θρησκευτικά δικαιώματα.
