Στην Κροατία, ο Νόμος του 2002 σχετικά με τη Νομική Θέση Θρησκευτικών Κοινοτήτων ορίζει ευρέως τις νομικές θέσεις των θρησκευτικών κοινοτήτων και καλύπτει θέματα όπως κυβερνητική χρηματοδότηση, φορολογικά πλεονεκτήματα και θρησκευτική εκπαίδευση στα σχολεία. Η καταχώριση θρησκευτικών ομάδων δεν είναι υποχρεωτική. Ωστόσο, σε καταγεγραμμένες ομάδες έχει παραχωρηθεί η ιδιότητα του «νομικού προσώπου» και οι ομάδες αυτές απολαμβάνουν φορολογικά και άλλα προνόμια.
Η Εκκλησία της Σαηεντολογίας της Κροατίας αναγνωρίστηκε επίσημα ως θρησκευτικός οργανισμός στις 22 Δεκεμβρίου 2003 στο Μητρώο των Θρησκευτικών Κοινοτήτων στη Δημοκρατία της Κροατίας. Το Υπουργείο Δικαιοσύνης όχι μόνο αναγνώρισε την Εκκλησία της Σαηεντολογίας της Κροατίας· αναγνώρισε επίσης τη θρησκεία της Σαηεντολογίας, έτσι ώστε άλλοι θρησκευτικοί οργανισμοί να μπορούν επίσης να καταχωρηθούν στο μέλλον.
«Διά του παρόντος εγκρίνεται να εισαχθεί Η ΕΚΚΛΗΣΙΑ ΤΗΣ ΣΑΗΕΝΤΟΛΟΓΙΑΣ ΣΤΗΝ ΚΡΟΑΤΙΑ… στο Μητρώο των Θρησκευτικών Κοινοτήτων στη Δημοκρατία της Κροατίας».
