Η Εκκλησία της Σαηεντολογίας είναι ένα θρησκευτικό δόγμα με ιεραρχική οργάνωση και διαχείριση. Στο χαμηλότερο επίπεδο της ιεραρχίας είναι οι εξωτερικοί ώντιτορ και οι ομάδες Διανοητικής που καθοδηγούνται από αυτούς.
Οι Οργανισμοί Σαιντ Χιλ είναι κεντρικές εκκλησίες, που ειδικεύονται στο υψηλότερο επίπεδο εκπαίδευσης ώντιτορ. Τέτοιες κεντρικές εκκλησίες υπάρχουν στο Λος Άντζελες, στο Σίδνεϊ, στο Ανατολικό Γκρίνστεντ στην Αγγλία και στην Κοπεγχάγη. Η πνευματική έδρα όλων των Σαηεντολόγων του κόσμου είναι ο Οργανισμός Υπηρεσιών του Φλαγκ στο Κληαργουότερ της Φλόριντα, ο οποίος παρέχει τις ανώτερες θρησκευτικές υπηρεσίες. Ο Οργανισμός Υπηρεσιών του Φλαγκ παραδίδει το ώντιτινγκ των υψηλότερων βαθμίδων (ΟΤ VIII).
Τον ρόλο της Μητέρας Εκκλησίας έχει η Εκκλησία της Σαηεντολογίας Διεθνώς στο Λος Άντζελες, η οποία σχεδιάζει παγκόσμιες εκστρατείες, συντάσσει τα εκπαιδευτικά υλικά και μεταφράζει τα θρησκευτικά έργα του Χάμπαρντ σε πολλές γλώσσες.