Το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων εξέδωσε μια ομόφωνη απόφαση-ορόσημο στις 5 Απριλίου 2007, υπέρ της θρησκείας της Σαηεντολογίας, τηρώντας τη θρησκευτική ελευθερία των Σαηεντολόγων και των θρησκευτικών τους οργανισμών. Αυτή η απόφαση έχει ισχύ και στα σαράντα έξι κράτη, συμπεριλαμβανομένης της Ρωσίας, που έχουν υπογράψει και επικυρώσει την Ευρωπαϊκή Σύμβαση για την Προστασία των Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων και των Θεμελιωδών Ελευθεριών, που υιοθετήθηκαν από το Συμβούλιο της Ευρώπης το 1950. Αποφαινόμενο υπέρ της Εκκλησίας της Σαηεντολογίας, το Δικαστήριο επιβεβαίωσε το δικαίωμα της θρησκευτικής ελευθερίας, όχι μόνο για τους Σαηεντολόγους, αλλά και για μέλη όλων των θρησκειών σε όλη την Ευρώπη.
Το Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων στην υπόθεση με τίτλο Εκκλησία της Σαηεντολογίας της Μόσχας εναντίον της Ρωσίας (αίτηση αρ. 18147/02), ανέτρεψε την άρνηση της κυβέρνησης της πόλης της Μόσχας να καταχωρήσει την Εκκλησία της Σαηεντολογίας της Μόσχας ως θρησκευτικό οργανισμό. Η Εκκλησία της Σαηεντολογίας της Μόσχας αναγνωρίστηκε επίσημα ως θρησκευτικός οργανισμός τον Ιανουάριο του 1994, αλλά της αρνήθηκε η καταχώρησή της σύμφωνα με τον Νόμο του 1997 που περιορίζει την καταχώρηση θρησκευτικών οργανισμών, ενώ, σύμφωνα με διάφορες δικαστικές αποφάσεις, η Εκκλησία πληροί όλες τις απαιτήσεις για την απόκτηση καταχώρησης σύμφωνα με τον Νόμο αυτό.
Το Δικαστήριο αποφάνθηκε ότι:
Εν όψει των ανωτέρω πορισμάτων του Δικαστηρίου, ότι οι λόγοι που επικαλείται το Υπουργείο Δικαιοσύνης της Μόσχας, και οι οποίοι έχουν εγκριθεί από τα δικαστήρια της Μόσχας να αρνηθούν την εκ νέου καταχώρηση του αιτούντα κλάδου, δεν είχαν καμία νομική βάση, μπορεί να συναχθεί ότι, αρνούμενες την καταχώρηση της Εκκλησίας της Σαηεντολογίας της Μόσχας, οι αρχές της Μόσχας δεν ενέργησαν καλή τη πίστει και παραμέλησαν το καθήκον τους ουδετερότητας και αμεροληψίας έναντι της θρησκευτικής κοινότητας του αιτούντος. Υπό το πρίσμα των ανωτέρω, το Δικαστήριο θεωρεί ότι η παρέμβαση στο δικαίωμα του αιτούντος όσον αφορά την ελευθερία της θρησκείας και του συνεταιρίζεσθαι δεν ήταν δικαιολογημένη. Επομένως, υπήρξε παραβίαση του Άρθρου 11 της Σύμβασης όπως ερμηνεύεται ενόψει του Άρθρου 9.
Αυτή η δικαστική υπόθεση είναι εξαιρετικά σημαντική, γιατί επιβεβαιώνει ότι σύμφωνα με την απόφαση του Ευρωπαϊκού Δικαστηρίου Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, η Εκκλησία της Σαηεντολογίας, όπως και άλλοι νέοι θρησκευτικοί οργανισμοί της Ευρωπαϊκής Κοινότητας, απολαύουν του ίδιου δικαιώματος του συνεταιρίζεσθαι και του δικαιώματος της θρησκείας όπως και όλοι οι άλλοι θρησκευτικοί οργανισμοί σύμφωνα με τη Σύμβαση.
Στις 24 Σεπτεμβρίου του 2007, η ομόφωνη απόφαση του Δικαστηρίου Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων της 5ης Απριλίου 2007 κατέστη τελεσίδικη, επιβεβαιώνοντας ότι η Εκκλησία της Σαηεντολογίας απολαύει των δικαιωμάτων της ελευθερίας της θρησκείας, όπως και κάθε άλλος θρησκευτικός οργανισμός, και ότι προστατεύεται από το Άρθρο 9 της Ευρωπαϊκής Σύμβασης για την Προστασία των Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων.
Η δικαστική υπόθεση Εκκλησία της Σαηεντολογίας της Μόσχας εναντίον Ρωσίας επιβεβαιώνει και καθορίζει οριστικά αυτό που ειδικοί στα θέματα των ανθρωπίνων δικαιωμάτων, ακαδημαϊκοί και πολυάριθμα εθνικά δικαστήρια έχουν ήδη αποφανθεί: ότι η Σαηεντολογία είναι μια θρησκεία με γνήσια θρησκευτική υπόσταση και ότι η Εκκλησία της Σαηεντολογίας είναι μια θρησκευτική κοινότητα εξουσιοδοτημένη με το πλήρες φάσμα των ανθρωπίνων δικαιωμάτων που ανήκουν στους εν λόγω οργανισμούς.
Η δικαστική υπόθεση Εκκλησία της Σαηεντολογίας της Μόσχας εναντίον Ρωσίας αποτελεί μια απόφαση-ορόσημο που επηρεάζει την ελευθερία της θρησκείας σε όλη την Ευρώπη, καθώς η απόφαση έχει επηρεάσει και θα έχει αντίκτυπο, στο μέλλον, στα θρησκευτικά δικαιώματα όλων των Κρατών που υπόκεινται στη δικαιοδοσία του Ευρωπαϊκού Δικαστηρίου Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων.
Την 1η Οκτωβρίου 2009, άλλη μια απόφαση-ορόσημο για την προστασία της θρησκευτικής ελευθερίας εκδόθηκε από το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων σε μια υπόθεση της Εκκλησίας της Σαηεντολογίας: Kimlya και Άλλοι εναντίον της Ρωσίας (Αιτήσεις 76836/01 και 32782/03). Το Δικαστήριο αποφάσισε ομόφωνα υπέρ δύο θρησκευτικών ομάδων στη Ρωσία, κρίνοντας ότι έχουν το δικαίωμα να καταχωρηθούν ως θρησκευτικοί οργανισμοί, βάσει της ρωσικής νομοθεσίας. Η απόφαση καθόρισε ότι αυτές οι ομάδες και ιδρυτές της Εκκλησίας της Σαηεντολογίας του Σουργκούτ και της Εκκλησίας της Σαηεντολογίας του Νίζνεκαμσκ έχουν το δικαίωμα της θρησκευτικής ελευθερίας και το δικαίωμα του συνεταιρίζεσθαι σύμφωνα με τα Άρθρα 9 και 11 της Ευρωπαϊκής Σύμβασης Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων.
Στη λήψη της απόφασης αυτής, το Δικαστήριο «διαπίστωσε ότι οι αιτούντες δεν ήταν σε θέση να λάβουν την αναγνώριση και αποτελεσματική απόλαυση των δικαιωμάτων τους προς την ελευθερία της θρησκείας και του συνεταιρίζεσθαι, σε οποιαδήποτε μορφή οργάνωσης. Ο πρώτος αιτών δεν μπορούσε να λάβει καταχώρηση της ομάδας της Σαηεντολογίας ως μια μη θρησκευτική νομική οντότητα, επειδή κρίθηκε από τις ρωσικές αρχές ότι είναι μια θρησκευτική κοινότητα. Οι αιτήσεις καταχώρησης ως θρησκευτική οργάνωση που υποβλήθηκαν από τον πρώτο και τον δεύτερο αιτούντα ως ιδρυτές των αντίστοιχων ομάδων τους και επίσης εκ μέρους του τρίτου αιτούντος, αμφισβητήθηκαν με γνώμονα την ανεπαρκή περίοδο ύπαρξης των ομάδων αυτών. Τέλος, η περιορισμένη θέση μιας θρησκευτικής ομάδας που κατείχε τα κατάλληλα προσόντα, και βάσει της οποίας υφίστατο η τρίτη αιτούσα ομάδα, δεν τους απέδωσε πρακτικά ή αποτελεσματικά οφέλη, καθώς μια τέτοια ομάδα είχε στερηθεί της νομικής της προσωπικότητας, των δικαιωμάτων ιδιοκτησίας της και της νομικής της ικανότητας να προστατεύει τα συμφέροντα των μελών της και είχε επίσης παρεμποδιστεί έντονα στις θεμελιώδεις πτυχές των θρησκευτικών της λειτουργιών. Κατά συνέπεια, το Δικαστήριο διαπιστώνει ότι υπήρξε παρέμβαση στα δικαιώματα των αιτούντων σύμφωνα με το Άρθρο 9 που ερμηνεύεται υπό το πρίσμα του Άρθρου 11».
Το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων επανεξέτασε την άρνηση της ρωσικής κυβέρνησης να καταχωρήσει μια θρησκευτική ομάδα της Σαηεντολογίας ως θρησκευτικό οργανισμό σύμφωνα με τον Θρησκευτικό Νόμο του 1997 στην υπόθεση Εκκλησία της Σαηεντολογίας της Αγίας Πετρούπολης και Άλλων εναντίον της Ρωσίας (Αίτηση αρ. 47191/06). Η καταχώρηση της ομάδας της Σαηεντολογίας της Αγίας Πετρούπολης είχε αμφισβητηθεί σύμφωνα με τον Θρησκευτικό Νόμο, με την αιτιολογία ότι δεν υφίσταντο ως ομάδα για δεκαπέντε χρόνια πριν από την καταχώρηση, όπως απαιτεί ο Θρησκευτικός Νόμος του 1997.
Αναφερόμενο στην απόφασή του σχετικά με τις θρησκευτικές ομάδες της Σαηεντολογίας στην υπόθεση Kimlya, το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων αποφάσισε ότι η περιορισμένη νομική υπόσταση των θρησκευτικών ομάδων που δεν μπορούν να καταχωρηθούν σύμφωνα με τον Θρησκευτικό Νόμο του 1997 «δεν επέτρεψε στα μέλη μιας τέτοιας ομάδας να απολαμβάνουν αποτελεσματικά το δικαίωμά τους στην ελευθερία της θρησκείας, κάτι που καθιστά ένα τέτοιο δικαίωμα απατηλό και θεωρητικό παρά πρακτικό και αποτελεσματικό». Κατά συνέπεια, το Δικαστήριο διαπίστωσε ότι η άρνηση της ρωσικής κυβέρνησης να καταχωρήσει τη θρησκευτική ομάδα της Σαηεντολογίας ως θρησκευτικό οργανισμό αποτελεί παρέμβαση στο δικαίωμα της θρησκευτικής ελευθερίας που εγγυάται το Άρθρο 9 της Ευρωπαϊκής Σύμβασης Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων, το οποίο ερμηνεύεται υπό το πρίσμα του δικαιώματος προς την ελευθερία του συνεταιρίζεσθαι, και το οποίο εγγυάται από το Άρθρο 11 της Σύμβασης αυτής.
Έχοντας αρνηθεί την καταχώρηση της Εκκλησίας της Σαηεντολογίας της Μόσχας, οι αρχές της Μόσχας δεν ενέργησαν καλόπιστα και αγνόησαν το καθήκον τους ουδετερότητας και αμεροληψίας έναντι της θρησκευτικής κοινότητας του αιτούντος. Υπό το πρίσμα των ανωτέρω, το Δικαστήριο θεωρεί ότι η παρέμβαση στο δικαίωμα του αιτούντος όσον αφορά την ελευθερία της θρησκείας και του συνεταιρίζεσθαι δεν ήταν δικαιολογημένη. Επομένως, υπήρξε παραβίαση του Άρθρου 11 της Σύμβασης όπως ερμηνεύεται ενόψει του Άρθρου 9».
για Θρησκευτική Ελευθερία στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων»