Μια σειρά από διάφορες ανησυχίες φαίνεται να υποκίνησαν την εναντίωση στη Σαηεντολογία, συμπεριλαμβανομένων κι εκείνων που συνήθως εγείρονται σε σχέση με τις νέες θρησκείες γενικά.
Πρώτον, η Σαηεντολογία μπορεί να εγείρει την υποψία επειδή ισχυρίζεται ότι επιφέρει πνευματική γνώση από την εφαρμογή ορθολογικών διαδικασιών.
Δεύτερον, η Σαηεντολογία υπόσχεται θεραπευτικά οφέλη κατά την απελευθέρωση των ατόμων από το αποτέλεσμα των τραυματικών εμπειριών του παρελθόντος. Αυτή η υπόσχεση μπορεί να φαίνεται στους κλασικούς επαγγελματίες της ψυχιατρικής ως πρόκληση στις θεωρητικές παραδοχές των μεθόδων τους και, ειδικότερα, των τεχνικών που χρησιμοποιούν. Έτσι, δύο ομάδες επαγγελματιών, οι κληρικοί και οι ψυχίατροι, που μπορεί να πει κανείς ότι έχουν συμφέροντα σε αυτά τα θέματα, είναι πιθανόν να εγείρουν εναντίωση ως προς τη Σαηεντολογία, και η καθεμιά έχει μια ευρύτερη ομάδα υποστηρικτών από επαγγελματίες (π.χ. δασκάλους και γιατρούς) και ένα ακόμη ευρύτερο στρώμα κοινού το οποίο μπορούν να επηρεάσουν.
Τρίτον, μερικοί απ’ αυτούς που ακολουθούν τη Σαηεντολογία αποφασίζουν να συνεχίσουν με περαιτέρω εκπαίδευση για να γίνουν προσοντούχοι ώντιτορ της Σαηεντολογίας, εγκαταλείποντας ευκαιρίες για πιο συμβατικές καριέρες. Γονείς, συγγενείς, φίλοι και αμύητοι στη Σαηεντολογία μπορεί να δουν μια τέτοια απόφαση με ανησυχία. Αν μετά από μια τέτοια επιλογή ακολουθήσει αποξένωση από την οικογένεια και τους φίλους, όπως συμβαίνει μερικές φορές, αυτό ενισχύει περαιτέρω εκείνους που αντιτίθενται στη νέα θρησκεία − στα μάτια τους φαίνεται ως «μια αίρεση που διαλύει οικογένειες».
Η Εκκλησία της Σαηεντολογίας, σε αντίθεση, υποστηρίζει ότι πνευματικά οφέλη μπορεί να γίνουν πραγματικότητα στην παρούσα ζωή. Υποστηρίζει ότι όλα τα άτομα είναι από τη φύση τους καλά και διδάσκει ότι ο καθένας θα πρέπει να αναλάβει την ευθύνη για τη δική του ζωή και τις δικές του δράσεις.
Τέταρτον, μια πιο γενική και αόριστη θεώρηση της πολιτιστικής ηθικής της Σαηεντολογίας μπορεί να εγείρει περαιτέρω εναντίωση. Παραδοσιακά, ο Χριστιανισμός κληροδοτεί έναν σαφή ασκητικό προσανατολισμό στον κόσμο και έχει καλλιεργήσει, πέρα από τα όρια των εκκλησιών ή του ποιμνίου τους, εικασίες για τον βασικό χαρακτήρα της αληθινής θρησκείας, δηλαδή ότι η θρησκεία θα πρέπει να είναι σοβαρή, να προάγει την ασκητική ηθική και να είναι αφοσιωμένη στη θυσία των εγκοσμίων προς όφελος της προετοιμασίας για την ανταμοιβή σε μια μετά θάνατον ζωή. Η μέριμνά του είναι να διαποτίσει τον άνθρωπο με την αίσθηση της εγγενούς αμαρτωλότητάς του και της ανικανότητάς του να επιτύχει τη σωτηρία με τις δικές του προσπάθειες. Αντ’ αυτού, οι άνθρωποι καλούνται να εξαρτώνται μόνο από έναν σωτήρα-θεό. Η Εκκλησία της Σαηεντολογίας, σε αντίθεση, υποστηρίζει ότι πνευματικά οφέλη μπορεί να γίνουν πραγματικότητα στην παρούσα ζωή. Υποστηρίζει ότι όλα τα άτομα είναι από τη φύση τους καλά και διδάσκει ότι ο καθένας θα πρέπει να αναλάβει την ευθύνη για τη δική του ζωή και τις δικές του δράσεις. Για τις εκκλησίες, μια θρησκεία που απορρίπτει την έμφυτη αμαρτωλότητα της ανθρωπότητας αποτελεί ήδη προσβολή, όμως αυτή η πρόκληση δε μειώνεται από το ότι η ηθική της Σαηεντολογίας διαθέτει μεγαλύτερη συνάφεια με τα ήθη που επικρατούν στην κοσμική Δύση στα τέλη του 20ού αιώνα, ήθη ανεκτικά προς τον ηδονισμό, που δίνουν έμφαση στην ανθρώπινη ευτυχία και στην ενθάρρυνση να συνειδητοποιήσουν οι άνθρωποι τις δυνατότητές τους. Ακόμα και πολλά μη θρησκευόμενα άτομα, που αποδέχονται έναν κοσμικό ηδονιστικό προσανατολισμό, είναι ανέτοιμα να αναγνωρίσουν ως θρησκεία ένα δόγμα που εγκαταλείπει την επίσημη καταδίκη όλων των ανθρώπων ως αμαρτωλών, και, ενώ ο βαθμός που αποδέχονται συνειδητά την παραδοσιακή χριστιανική θέση είναι μικρός, παρ’ όλα αυτά αντιτίθενται σε μια θρησκεία που διαφοροποιείται από τον Χριστιανισμό σε αυτά τα θεμελιώδη ζητήματα. Έτσι, επειδή κάποιοι δεν είναι ακόμη έτοιμοι να αποποιηθούν την παραδοσιακή οπτική του κόσμου και επειδή κάποιοι άλλοι πιστεύουν, παρόλο που οι ίδιοι δεν υποστηρίζουν αυτό το σύνολο των ηθικών αρχών, ότι τελικά είναι δουλειά της θρησκείας να το πράξει αυτό, πολύ διαφορετικά τμήματα του κοινού οδηγούνται αγεληδόν στο να αντιτίθενται στη νέα θρησκεία της Σαηεντολογίας.